Ahogyan a korábban említett, Kádár Éva által készített tanulmányból is kiderül, Hagyó Miklós neve már a BKV-ügy nyomozásának kezdeti szakaszában - tehát, amikor még megalapozott gyanúról sem lehetett beszélni - meg lett hurcolva.
Olyan híradások jelentek meg ugyanis a politikai szereplők által kézzel vezérelt és eltartott jobboldali médiumokban, amelyek kvázi bizonyított tényként állították, hogy Hagyó bűnös, hogy ő a nemzeti vagyon egyik elherdálója, valamint arra is utaltak, hogy a politikus mentelmi jogát kihasználva külföldre készül szökni. Ezt a feltételezést cáfolandó 2010. május 11-én ügyvédje útján írásban eljuttatta a Budapesti Rendőr Főkapitányság ezredesének tartózkodási helyét és egyéb elérhetőségeit, s jelezte, kész mindenben segíteni a nyomozást.
2010. május 14-én, az új országgyűlés megalakulását követően, - tehát azután, hogy hivatalosan megszűnt Hagyó képviselői mandátuma, s ezzel együtt mentelmi joga - őrizetbe vették bűnszervezetben elkövetett hűtlen kezelés gyanújával. Majd rá három napra, a fent említett levele ellenére arra hivatkozva rendelték el előzetes letartóztatásba helyezését, hogy „a nyomozás során adat merült fel arra nézve, hogy Hagyó a büntetőjogi felelősségre vonás elől külföldre kíván távozni”.
A legszigorúbb kényszerintézkedés ellen a politikus védője fellebbezést nyújtott be, de azt a másodfokon eljáró bíróság több esetben elutasította. Kádár András ügyvéd beadványban kérte az ügyészséget, hogy bocsássa a védelem rendelkezésére az előzetes letartóztatás alapjául szolgáló bizonyítékokat. Az Emberi Jogok Európai Bíróságának gyakorlata szerint ugyanis sérül a fegyveregyenlőség elve abban az esetben, ha a védő nem férhet hozzá azokhoz a nyomozati iratokhoz, amelyek ismerete nélkül nincs lehetősége cáfolni védence fogva tartásának jogszerűségét. A kérelmet azonban az ügyészség érdemi indoklás nélkül elutasította, a kért „adatot”, amelyre hivatkozva érvelt a legszigorúbb kényszerintézkedés mellett, soha nem ismertette, így annak létezése kétségbe vonhatóvá vált.
Hagyó tehát börtönbe került, de az ellene folyó hadjárat ez idő alatt sem csillapodott. A politikust fogsága alatt újabb, a „börtönben elkövetett” bűncselekménnyel vádolták meg. Akkori élettársát bízta meg ugyanis „jogi képviseletével”, a vád szerint azért, hogy kötetlenebb körülmények között tarthassák a kapcsolatot. Pedig - ahogyan ezt később az első fokon eljáró bíróság is megállapította - polgári ügyekben egy fogvatartott is megbízhatja hozzátartozóját jogi képviseletével. Felmentették tehát. Mindenesetre ez az alaptalan vádemelés elég volt ahhoz, hogy a közvéleményben tovább feketítsék a nevét és, hogy megfosszák Hagyót a rendes hozzátartozói látogatás lehetőségétől is.
Fontos momentum az is, hogy Hagyó Miklós fiatal kora ellenére számos, súlyos betegségben szenved. Ennek, valamint az eddigiekben ismertetett lelki terrornak és a penészes cellában való elhelyezésnek következtében immunrendszere nagyon legyengült. Ügyvédje az eljárás kezdete óta kérte orvos-szakértő kirendelését védence egészségi állapotának megvizsgálása és értékelése végett, de szakértő bevonására csak az első kérelemtől számított négy hónap elteltével került sor.
Összesen kilenc hónapot töltött előzetes letartóztatásban, majd egy héttel azután, hogy Hagyó honlapja nyilvánosságra hozta az előzetes letartóztatáshoz kapcsolódó dokumentumokat, amelyek egészségi állapotának romlásáról és a meghosszabbítás alapját képező veszélyek, - többek között a szökés - alaptalanságáról szóltak, házi őrizetbe helyezték. Majd 2011. június 10-én minden kényszerintézkedést megszűntettek, azóta szabadlábon védekezhet.
A szabadlábra helyezés indokaként a bíróság megállapította, hogy nem állnak fenn olyan adatok, tények, amelyek alapján tartani kellene a szökéstől, elrejtőzéstől. Pedig ugye korábban az ügyészségi beadványok és a bírósági határozatok egy ilyen, nem létező adatra hivatkoztak…
